Wyszukaj
Zmień rozmiar czcionki
Wersje kontrastowe
| Prelegent: | Krzysztof Szymiczek, mgr inż., Zakład Informatyki Technicznej, Katedra Grafiki, Wizji Komputerowej i Systemów Cyfrowych (dawny Instytut Informatyki), Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki, Politechnika Śląska w Gliwicach, e-mail: Krzysztof.Szymiczek@gmail.com. |
| Temat: | Wysokorozdzielcze modelowanie ewolucji klonalnej nowotworów |
| Streszczenie: | Zaprezentowane zostanie nowe podejście (modyfikacje) do algorytmu Gillespie pozwalające na jego zastosowanie do problemu wysokorozdzielczej symulacji ewolucji klonalnej nowotworów. Pod tym pojęciem rozumie się takie prowadzenie symulacji, że każda z komórek populacji symulowanej jest w pełni rozróżnialna (indeksowana) i można odtworzyć dla niej pełną historię (i kolejność) nabywania mutacji w określonych genach. Zbiór interesujących genów wraz z przypisaniem ich funkcji (kierująca lub towarzysząca) oraz zysków/strat selekcyjnych (nabywanych przez komórkę wskutek mutacji w obszarze danego genu) stanowi jedną z danych wejściowych modelu. Podejście takie z jednej strony daje ogromne możliwości analityczne (np. możliwość wizualizacji zmian struktury klonalnej guza w czasie), z drugiej zaś strony jest niezmiernie problematyczne w implementacji (głównie w obszarze wymaganych zasobów obliczeniowych). Omówione zostaną sposoby radzenia sobie z tymi niedogodnościami (T-Leap, przetwarzanie równoległe, wyrównywanie obciążenia i algorytm kompresji danych i ich współdzielenia). Na koniec pokazane zostaną rzeczywiste wyniki dla utworzonego symulatora, które potwierdzają skuteczność i realną praktyczność wprowadzonych modyfikacji do algorytmu Gillespie. |
